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Oligo DNA 的分子量和摩爾數(shù)的計(jì)算方法

來(lái)源：Genenode|君諾德公司發(fā)布時(shí)間：2017-10-15 Hits：9938

一、Oligo DNA 的分子量和摩爾數(shù)的計(jì)算方法
1、一般Oligo DNA 的分子量和摩爾數(shù)的計(jì)算方法
分子量計(jì)算公式如下：
MW=(A堿基數(shù)×312)+(C堿基數(shù)×288)+(G堿基數(shù)×328)+(T堿基數(shù)×303)-61
OligoDNA的分子量也可以用以下近似方法計(jì)算: OligoDNA中的每個(gè)脫氧核苷酸堿基的平均分子量近似為324.5,則一條OligoDNA的分子量=堿基數(shù)×324.5。
例：您得到一管標(biāo)為5　OD260nm的20mer OligoDNA
分子量=20×324.5=6490
質(zhì)量數(shù)=5×33=165ug
摩爾數(shù)=165/6490=0.025umol=25nmmol
若加雙蒸消毒水或TE buffer400ul溶解,則濃度為25nmol/400ul=62.5uM

這里的 OD 值是指 DNA 制品溶解在1ml無(wú)菌水中的260nm 的吸光度值。

2、含修飾的Oligo DNA的分子量和摩爾數(shù)是如何確定的？
Oligo DNA非修飾的引物的Molecular Weight在隨引物提供的報(bào)告單上都有明確的標(biāo)示。如果需要估計(jì)一個(gè)引物的分子量按每個(gè)堿基的平均分子量為324.5，引物的分子量=堿基數(shù)× 堿基的平均分子量?；虬聪铝泄接?jì)算
MW= (NA ×WA) + (NC ×WC) + (NG × WG) + (NT × WT) +(Nmod ×Wmod) ＋（Nx×Wx）+( Ni× Wi) +16×Ns– 62.
NA, NG, NC, NT, Ni分別為引物中堿基A或G或C或T或I的數(shù)量，WA, WC, WG, W, Wi分別為引物中堿基A或G或C或T或I的分子量，Nmod，Wmod 分別為修飾基團(tuán)的數(shù)目和分子量。

對(duì)于混合堿基的分子量為混合堿基的分子量總合除以混合數(shù)，例如G+A混合的分子量為（313.21+329.21）/2 = 321.21。Ns為硫代數(shù)目，硫代每個(gè)位置增加分子量16。

3、常規(guī)堿基及常規(guī)修飾基團(tuán)分子量

Base	Molecular Weight	Base	Molecular Weight	Base	Molecular Weight
A	313.21	5ˊ -Biotin	405.45	3ˊ-TAMARA	623.60
C	289.18	5ˊ-(6 FAM)	537.46	3ˊ-Dabsyl	498.49
G	329.21	5ˊ-HEX	744.13	3ˊ-(6 FAM)	569.46
T	304.19	5ˊ-TET	675.24	3ˊ-AminoModifier	C3 153.07
I	314.2	5ˊ-Cy5	533.63	3ˊ-AminoModifier	C7 209.18
U	290.17	5ˊ-Cy3	507.59	3ˊ-ThiolModifier	C3 154.12
S	16.00	5ˊ-NH2	179.2	3ˊ-NH2	209.2
		5ˊ-ROX	659.8	3ˊ-ROX	659.8
		5ˊ-digoxin	722.9	3ˊ-digoxin	722.9
		5ˊ-PO4	80	3ˊ-PO4	569.5
		5ˊ-JOE	666.4	3ˊ-JOE	666.4

二、Oligo DNA的Tm值
引物設(shè)計(jì)軟件都可以給出Tm，與引物長(zhǎng)度，堿基組成，引物使用緩沖的離子強(qiáng)度也有關(guān)。
長(zhǎng)度為25mer以下的引物，Tm計(jì)算公式為：
Tm = 4℃(G + C)+ 2℃(A + T)
對(duì)于更長(zhǎng)的寡聚核苷酸，Tm計(jì)算公式為：
Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+] + 0.41 (%GC) – 600/size
公式中，Size = 引物長(zhǎng)度。
最適退火溫度（Ta Opt ）= 0.3×(Tm of primer)0.7×(Tm of product)–25
引物Tm值與PCR產(chǎn)物Tm值相差一般不超過30℃，一般采用較引物Tm值低5℃作為PCR退火溫度。兼并堿基TM值可以折算。

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