技術(shù)服務(wù)

服務(wù)介紹：

微衛(wèi)星標記（Microsatellite）也稱為短串聯(lián)重復(fù)序列（STR）或簡單重復(fù)序列（SSR），是廣泛分布在真核生物基因組中的簡單重復(fù)序列。微衛(wèi)星位點通常通過PCR擴增和電泳檢測，并根據(jù)片段大小分離等位基因進行分析；擴增后的等位微衛(wèi)星可以用多種方法檢測，傳統(tǒng)方法采用聚丙烯酰胺凝膠電泳加放射顯影或銀染的方法，費時費力效率低。我們利用ABI遺傳分析儀對熒光標記的DNA片段進行檢測，結(jié)合分子量內(nèi)標進行DNA片段長度計算，使STR分型變得高效快捷，結(jié)果也更加精確。

STR分析方法原理：
通過檢索DNA數(shù)據(jù)庫或構(gòu)建基因組文庫，獲得微衛(wèi)星序列。由于微衛(wèi)星兩側(cè)的序列在同一物種間是高度保守的，據(jù)此可設(shè)計熒光標記引物，擴增同一物種甚至不同物種其它基因型的微衛(wèi)星片段得到多個相差幾bp的片段，將擴增產(chǎn)物和內(nèi)標混合，經(jīng)ABI測序儀跑膠后，根據(jù)峰的個數(shù)確定對應(yīng)樣本STR等位基因雜合或者純合。多個位點的多重PCR擴增，可通過使用幾種熒光標記來區(qū)分，ABI測序儀對PCR擴增后，熒光顏色不同的DNA片段的峰進行長度檢測，DNA片段與內(nèi)標比較確定長度。最后與以同樣方式確定的等位基因Ladder比較，得到未知樣本的PCR產(chǎn)物片段分型。

STR分析原理示意圖：


服務(wù)項目：
1. 多態(tài)性引物開發(fā)：對于全基因組序列未知的物種，富集含SSR序列的DNA片段，開發(fā)出10-30條具有多態(tài)性的微衛(wèi)星序列和引物。
2. 多態(tài)性引物篩選：針對含微衛(wèi)星的序列信息或引物和目標樣本，篩選出具有多態(tài)性的引物。
3. 樣本批量擴增：用帶有熒光標記（FAM／HEX／TMR／ROX等）的引物，對批量樣本進行PCR擴增。我公司擁有高通量PCR儀平臺，可以滿足大量樣本擴增需求。
4. 測序儀檢測：帶有熒光標記的PCR產(chǎn)物進行稀釋后與分子量內(nèi)標混合，用3730xl等測序儀進行毛細管電泳，并得到原始數(shù)據(jù)。
5. 原始數(shù)據(jù)分析：編制panel和bin等文件，使用正版GeneMapper v4.0軟件分析測序儀得到的fsa文件，并生成PDF圖譜和Excel文檔（包括size、基因分型等信息），分析后的電泳圖譜。
6. 群體多態(tài)性研究：對于已篩選好的多態(tài)性引物和群體性樣本，進行批量檢測，并進行遺傳學分析。

服務(wù)說明：
1. 微衛(wèi)星位點選擇 : 由于有多態(tài)性的微衛(wèi)星位點才可以提供有效的信息，因此在選取微衛(wèi)星標記時，一定要選取雜合度高的位點，才能盡量多的獲得有效的信息。
2. 熒光標記選擇 : 可以檢測的熒光標記很多種，建議選取FAM（藍色）,HEX（綠色）,ROX（紅色）,TAMRA（黃色，軟件顯示黑色）。
3. 微衛(wèi)星位點混檢: 混合檢測請選用不同熒光標記。如同色熒光混合檢測，非特異性擴增條帶會影響檢測結(jié)果。

送樣要求：

1. 樣品信息：樣品名稱，樣品類型，熒光標記類型及目標范圍，是否混樣及混樣方式。
2. 基因組DNA樣品：DNA樣品濃度≥50ng/ul,體積最少量為10ul并每增加一個位點增加2ul樣品, A260/A280比值為1.8左右，送檢DNA樣品濃度稀釋成相對一致。
3. 血液樣品：血液樣本用EDTA抗凝劑的真空管采集或枸櫞酸鈉抗凝，采集后放入-20℃保存，體積大于1ml。
4. 熒光PCR產(chǎn)物或酶切產(chǎn)物：體積≥10ul，瓊脂糖電泳能看到目的條帶，需避光保存。
5. 細胞（≥106 ）、組織（≥300mg）、血液（≥1ml）、基因組DNA（≥20μl，濃度≥ 50ng/μl）；引物信息、片段長度范圍、瓊脂糖電泳圖等。

 

提供結(jié)果：

引物、微衛(wèi)星分析的原始數(shù)據(jù)以及GeneMapper生成的PDF圖譜、包含片段長度等信息的Excel文檔和進一步的分析結(jié)果等。

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